Se sed não for um requisito estrito, veja um script AWK que fará o seguinte:
awk -F\| 'BEGIN { OFS = FS } { gsub("\.0+", ".", $1); print }'
Isso divide os registros em | , usando isso na saída também; para cada registro, ele substitui . seguido por um ou mais 0 por . no primeiro campo e, em seguida, gera o registro completo.