Você pode usar sed
da seguinte forma:
sed 's/-//g' file | column -t
Você pode usar awk
da seguinte forma:
awk '{for (i=1; i<=NF; i++) if ($i < 0) $i = -$i; print }' file | column -t
NUMBER SQUARE SQUARE ROOT
1 1 1.000
2 4 1.414
3 9 1.732
4 16 2.000
5 25 2.236
6 36 2.449
7 49 2.646
8 64 2.828
9 81 3.000
10 100 3.162
11 121 3.317
12 144 3.464
13 169 3.606
14 196 3.742