Em uma única linha - não é um único comando - chamando diff uma vez para cada:
while IFS= read -r filename; do diff project1/"$filename" project2/"$filename"; done < files-to-compare.txt
Isso lê o arquivo files-to-compare.txt linha por linha, garantindo que nada atrapalhe lendo a linha inteira , então chama diff
com esse nome de arquivo em cada um dos diretórios project1 e project2.