--override-config é uma pbuilder opção , não é um cowbuilder opção. Instrui pbuilder a atualizar a configuração apt na imagem base.
cowbuilder runs pbuilder update com opções que o instruem a usar um espelho e uma distribuição diferentes. pbuilder avisa sobre isso quando executado sem --override-config porque os usuários finais que o executam manualmente com essas opções podem esperar que as alterações sejam persistentes (já que update é tudo sobre a atualização do tarball de base). Não há nada para você fazer, além de ignorar o aviso.