Como de costume, a verdadeira causa não é o que eu acho que foi.
O "filelist.txt" era um arquivo de texto UTF8 que tem códigos BOM no início do arquivo como códigos ocultos. Mesmo "vi", "vim", "nano" não são capazes de mostrá-los.
Remova todos os códigos ocultos e os códigos rsync acima no script básico devem funcionar.
Desculpe pelo caos.