Você poderia tentar algo como:
gnuplot -c /dev/stdin "$first" "$second" <<-EOF
do for [j=0:ARG1] {
do for [i=4:ARG2] {
plot '${data}' index j using 2:i with lp
}
}
EOF
O Gnuplot reclama
line 4: No previous filename
mas depois recebo o mesmo erro ao usar um arquivo de script, provavelmente é algo a ver com o código estar incompleto.