Esse tput cuu1
e tput el
é usado para subir uma linha e limpar o início da linha. Então, o que basicamente acontece é que o terminal irá limpar apenas a linha atual. Você "cd" no diretório e é isso. Você provavelmente já sabia disso. Então não é nada sério.
Você deve verificar seus arquivos de log. Se você puder, reinstale o sistema operacional apenas para ter paz de espírito.
Poderia ser como o comentário de Jeff Schaller. Portanto, tente desconectar-se da rede (se possível) algumas vezes e verificar o histórico. Se ainda for executado, pode ser um script de tarefa cron.
página de manual do comando tput