Já houve um serviço Ubuntu One que fez exatamente isso, mas acabou. Você pode usar algo como Syncthing e, basicamente, ter um deamon rsyncing seus arquivos, mas isso só cobre o que está em seu diretório home ou seja, programas instalados não coberto.
O que eu sugiro é ter as pastas que você precisa para sincronizar no google ou na caixa de depósito. Supondo que você precisa dos sistemas para ser sincronizado você pode usar algo como fantoche ou qualquer outra ferramenta de automação, mas é muito trabalho, como você notará ao usar o linux é muito fácil instalar programas com um gerenciador de pacotes para que você não precisa se preocupar tanto em manter os sistemas sincronizados desde que você não mexa com os pacotes e mantenha as máquinas na mesma distribuição / distribuição.