Há mais de uma maneira de fazer isso. (TM)
Solução 1 (provavelmente a melhor): adicione o comando para sair de vmd até o final do seu script.
Solução 2: redireciona a entrada padrão do comando vmd para (ou de, dependendo da sua mentalidade) o dispositivo nulo, da seguinte forma:
vmd -e script.tcl > out.txt < /dev/null &
Dessa forma, quando vmd terminar seu script e tentar ler o próximo comando a partir da entrada padrão, ele receberá "end of file" e sairá.
Solução 3: Mate o processo vmd restante com kill . Você precisará do seu PID para o que você pode notar como o shell imprime depois de iniciá-lo com & , ou encontrar através do comando ps ax . Tente kill -TERM (o padrão) primeiro, se isso não funcionar use kill -HUP . Do não use kill -KILL aka kill -9 .
Solução 4: use screen ou tmux em vez de disown . Dessa forma, você pode se reconectar ao processo vmd em execução e inserir outros comandos como exit .