Não tenho certeza se é o caso de vários HDDs, mas se você particionar um disco rígido, o Windows só é capaz de reconhecer cada partição adjacente até encontrar uma que não reconheça e nenhuma depois. Como o Windows não reconhece as partições do Linux, se ele vier diretamente após o Windows e você tiver outra partição reconhecível, digamos que uma versão diferente do Windows, após ele, ele não reconhecerá nenhuma delas. Este é possivelmente o seu problema. Se você tem o Ubuntu no início de seu segundo HDD, o Windows provavelmente parará de procurar assim que o Ubuntu for detectado.
Eu não posso garantir resultados, mas se você colocar a partição Ubuntu no final do segundo HDD, você poderá ler o resto. Certifique-se de tornar o Ubuntu grande o suficiente para os dados do Ubuntu se acumularem, já que é muito mais demorado adicionar espaço ao início de uma partição do que adicionar ao final. Dito isto, o Ubuntu é capaz de ler e gravar em qualquer partição sem efeito (exceto a pasta de lixeira ocasional e, obviamente, arquivos incompatíveis formatos; não é diferente do que se você fosse usar uma unidade flash entre os dois), enquanto você ganha permissão de r / w para eles. Isso significa que você só precisa de espaço para os arquivos do sistema, você pode muito bem manter todos os seus arquivos pessoais na partição do Windows, se você quiser. (Quando ainda usei o Windows, dei 100 GB, seguidos por uma grande partição ntfs para dados compartilhados e os últimos 50 GB para o Ubuntu, e coloquei todos os arquivos pessoais na partição compartilhada para que fossem acessíveis a ambos os sistemas operacionais).
Verifique também se a partição extra está em um formato compatível com o Windows. Eu costumava usar NTFS porque eu também tive Snow Leapard por um tempo e é compatível com todos os 3 sistemas operacionais, o FAT também funcionaria com todos os 3 (isto é o que os drives flash usam por padrão).