O Network Manager pode usar várias ferramentas para determinar o DNS. Por padrão, ele substitui o /etc/resolv.conf em si, a menos que seja um link simbólico, ignorando assim os arquivos .head|.tail .
Você deve atualizar a configuração NM para usar resolveconf util para atualizar a configuração do DNS.
Altere /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf e adicione:
[main]
rc-manager=resolvconf
Em seguida, reinicie o NM com systemctl restart NetworkManager .
Veja "man 5 NetworkManager.conf" para detalhes.