Acho que posso parafrasear o conselho dado no arquivo welcome.conf (que é responsável pela página "1,2,3, testing"): o gerenciador de pacotes não tem como saber que o arquivo já esteve lá e você o excluiu intencionalmente e não quer que ele volte. Ele é marcado como um arquivo de configuração, portanto, se você tiver alterado seu conteúdo, o gerenciador de pacotes não irá sobrescrevê-lo com um novo ssl.conf (colocando o novo arquivo em ssl.conf.rpmnew ).
O que isso significa para o seu problema é: apenas comente todas as linhas em ssl.conf , se você acha que as deseja para referência futura, ou faça
rm /etc/httpd/conf.d/ssl.conf; touch /etc/httpd/conf.d/ssl.conf
para substituí-lo por um arquivo vazio. De qualquer forma, isso não influenciará mais o estado de configuração do seu servidor, e rpm verá que você alterou o arquivo para não afetá-lo.