Você menciona em seu comentário que os arquivos vêm do Windows, o que é uma instrução estranha a ser feita se não houver pontos de montagem em sua VM vadia. Se você estiver usando a funcionalidade de pasta sincronizada do vagrant, isso seria uma informação útil para saber, ou seja, pontos de montagem e quaisquer opções de montagem que você está usando.
O comando chmod +x /var/www/html/wp-content/xdebug/build/shtool
adicionaria o bit executável para o proprietário, grupo e todos àquele arquivo se ele existir em um sistema de arquivos linux. Se, imediatamente após a execução, o bit de execução não tiver sido definido, a opção restante é que esses arquivos estejam de fato sendo compartilhados / sincronizados do Windows.
As pastas sincronizadas do vagrant são configuradas no seu arquivo vagrant, você deve definir permissões e opções de montagem, pois elas não poderão ser definidas pelas ferramentas padrão do Linux. Procure por vm.synced_folder
configurações e configure como desejar.