Acredito que a razão para isso é que clipboard
requer que o Vim seja compilado / ligado a bibliotecas X11. (A área de transferência é um recurso GUI.) Se esta fosse a configuração padrão, o Vim não estaria disponível em sistemas que também não possuem dependências X instaladas. Essa é uma restrição muito grande, dada a quantidade de usuários que não precisam / querem nada relacionado à GUI (aqueles que implantam instâncias somente de servidor, por exemplo).
Vou basear-me na memória de um post que vi no site de troca Vim stack, mas acredito que suas opções seriam instalar um pacote Vim diferente ou construir o próprio Vim ... em ambos os casos somente se você já tiver X ou estão dispostos a instalá-lo também.
Eu vou desenterrar a postagem e vinculá-la aqui em breve.