Supondo que este seja um arquivo .sql de texto simples com CREATE SCHEMA ou CREATE DATABASE instruções, você pode fazer isso com split :
$ split -p 'CREATE DATABASE' bigfile.sql splitsql_
Isso criará um conjunto de novos arquivos, e. g. splitsql_aa , splitsql_ab e assim por diante, em que cada arquivo será iniciado com as instruções CREATE encontradas.
Do manual do split :
NAME split -- split a file into pieces [...] -p pattern The file is split whenever an input line matches pattern, which is interpreted as an extended regular expression. The matching line will be the first line of the next output file. This option is incompatible with the -b and -l options.