Em suma, você não precisa.
Atualizar o debian significa que você muda o nome do release no sources.list, então você executa update / dist-upgrade e pronto.
Em relação aos programas, existem duas situações:
1. Programas que você instalou usando o Debian - você não precisa se preocupar com isso. Todos os programas e dependências são atualizados automaticamente. E, se não houver atualização disponível para um determinado pacote, ele permanecerá lá, intocado pelo processo de atualização.
2. Programas que você instalou separadamente - estes são programas que você instalou independentemente do sistema de pacotes Debian. Existem várias razões para isso: o programa que você usa não está disponível no Debian, ou você fez o download do código-fonte, compilou e instalou, ou talvez ele execute seu próprio pacote de instalação, que ignora o Debian. Isso também é bom, porque o sistema de pacotes não toca nesses programas, já que eles estão instalados nos diretórios "locais": "/ usr / local", "/ lib / local", e assim por diante. Esses programas - e suas bibliotecas - também permanecerão após o processo de atualização. Você pode ter que atualizá-los porque algumas de suas dependências podem ser atualizadas pelo Debian, mas não é o caso de um backup antes do upgrade.
Se você realmente quiser fazer backup de seus programas, suponho que você possa criar um arquivo com todos os /usr , /lib e /etc e mantê-lo em outro lugar:
# tar cvzf /root/backup.tar.gz /usr /lib /etc
Mas devo dizer que é realmente desnecessário.