Acabou que era um problema de transmissão, então adicionei 0 às colunas para garantir que ambas estivessem sendo tratadas da mesma forma pelo awk.
Com a ajuda de: link
Isso acabou funcionando ..
awk -F, 'NR==FNR{c[$1+0,$2,$3]++;next};c[$120002+0,$120003,$120004] > 0' small.csv large.csv > output.csv