Existem dois possíveis causadores para isso:
Causa 1: A unidade flash é formatada com NTFS ou FAT32
Solução : formate-a usando FAT16 (ou somente FAT).
Causa 2: Há uma pasta /isolinx
e os arquivos /isolinx/isolinux.bin
e /isolinx/isolinux.cfg
em seu pendrive
Solução: Basta renomear todos os acima de pastas e arquivos para syslinux