Como inserir vários arquivos de uma lista de arquivos no script bash

Question

Eu tenho uma lista de arquivos em bam_files.txt que se parece com isso:

/home/test/2cells_2_trim.bam
/home/test/6h_1_trim.bam
/home/test/2cells_1_trim.bam
/home/test/6h_2_trim.bam

Eu quero fazer algo assim:

cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf test/*.bam

mas ao ler arquivos de bam_files.txt e não diretamente do diretório (como mostrado acima).

Eu quero ler todos os arquivos juntos no mesmo comando.

Alguém por favor pode ajudar? Muito obrigado. Aprecie sua ajuda.

    

Answer 1

Você pode ler bam_files.txt em uma matriz e usar a matriz como argumentos para cuffnorm :

mapfile -t bam_files < bam_files.txt
cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf "${bam_files[@]}"