Parece que os arquivos modificados são os seguintes:
/etc/ppp/peers/dsl-provider is pppd options file for your dsl provider.
/etc/ppp/pap-secrets and /etc/ppp/chap-secrets are described in pppd documentation. pppoeconf may add lines to theses files.
/etc/ppp/ip-up.d/0clampmss and /etc/ppp/ip-down.d/0clampmss are used to clamp MSS if needed.
/etc/network/interfaces is network interface file for your system.
O que eu sinto falta é se pppoeconf
também adicionar algumas entradas aos scripts no momento da inicialização para que o pppoe seja carregado corretamente.