Se estiver faltando o arquivo version.h, isso deve ser incluído no linux-headers, pelo menos na minha instalação.
Se você está perdendo um arquivo sudo apt-get install apt-file
Então apt-file search **filename**
. Ele irá pedir para você atualizar o cache do apt-file, então faça o que ele diz.
Você deve ver algo como: apt-file search linux/version.h
linux-headers-3.2.y-xx-generic: /usr/src/linux-headers-3.2.y-xx/include/linux/version.h
Se esse arquivo existir, algo com softlinks ficou confuso.% apt-get install --reinstall linux-headers-generic