Se as linhas em seu arquivo de dados contiverem espaços à direita no final da linha, o programa de leitura do cliente pode estar supondo que você esteja usando o modo "format = flowed", consulte rfc2646 e, por exemplo, este artigo .
Você pode visualizar esses caracteres com cat -vet
e pode tentar remover os espaços à direita ou as guias com, por exemplo, gnu sed:
sed 's/[ \t]\+$//'