Ctrl-C é o caractere de interrupção padrão, fazendo com que o sinal de interrupção apropriado ( SIGINT ) seja enviado para o processo em execução. Provavelmente, seu aplicativo não o manipula, mas termina (que é a ação padrão), e a tela e o xterm são encerrados depois disso, já que nada está sendo executado dentro deles.
Você pode ver se o aplicativo pode ignorar o sinal ou desativar o caractere de interrupção do terminal ( stty intr "" ) para impedir que o aplicativo seja encerrado.
Isso não desanexará o screen . Mas você pode conseguir isso ligando desanexar a Ctrl-C em screen , com bindkey ^C detach . (No seu .screenrc ou dado com ^A: na tela.) Observe que o comando é diferente do usual bind , que controla as ligações de sequência de teclas de comando, aquelas que usam o prefixo ^A (ou seja lá o que você definiu.