Como criar uma pasta de uma string em um arquivo?

Question

Eu tenho um script que faz algumas conversões. Para poder salvar os resultados em uma pasta específica eu tenho um arquivo (arquivo csv) que o script está lendo e de lá ele pega uma string (eu faço isso agora com echo / sed / awk)

é assim que eu estou tentando fazer isso:

# creating output directory
PNAME=$( echo -n "$(sed '4q;d' ${FOLDER}/SampleSheet.csv| sed  -e 's/Experiment Name,//')")
echo $PNAME

mkdir /fs/pool/pool-bcfngs/fastq_files/${PNAME}/

O problema é que com este comando eu sempre adiciono o nome da pasta e não consigo criar subpastas automaticamente.

por exemplo. a string que estou tentando encontrar é essa

 sed '4q;d' 171213_NB500982_0018_AHH7CNAFXX/SampleSheet.csv
 Experiment Name,P030

e os resultados que obtenho são

P030^M

mas com a nova linha inserida. Existe uma maneira de extrair o termo P030 sem adicionar o P030 à variável?

    

Answer 1

A \r é a notação C para o retorno de carro, que aparece nos finais de linha CRLF no estilo Windows. É considerado um personagem regular pelas ferramentas usuais de processamento de texto em Unixes.

Então, do ponto de vista de sed s, a linha em questão é algo assim (se eu acertei direito):

Experiment Name,P030\r

Você pode executar o arquivo por meio de tr -d '\r' ou dos2unix ou sed -e 's/\r$//' para remover os CRs de cada linha. Ou o mesmo para a string resultante. Ou lidar com isso, alterando a expressão sed que pega a string que você deseja. Isso também funcionaria com qualquer outro lixo na linha.

por exemplo. isso removeria tudo da linha, além dos alfanuméricos seguindo o rótulo fixo:

| sed -e 's/.*Experiment Name,\([[:alnum:]]*\).*//'

( \(..\) é usado para salvar ("captura") parte da string correspondente, e refere-se ao primeiro como um grupo.)