Provavelmente você tem um alias para ls que está adicionando incondicionalmente a opção -F (ou --classify ). Gostaria de contornar isso, criando uma função de wrapper que testa se o stdout é um terminal ou não; adicione somente a opção -F se a saída for um terminal.
function ls {
if [ -t 1 ]
then
command ls -F "$@"
else
command ls "$@"
fi
}
Ajuste as outras opções padrão conforme desejar.