Isso significa:
if a file’s link has recently been updated
the file’s data may successfully reach the disk but
a entrada do diretório associado pode não alcançar o disco com sucesso
rendering the file unreachable.
Especificamente, isso pode ser uma preocupação ao criar um novo arquivo. Eu ignoraria a generalização para "um link de arquivos", a menos que você saiba que os hard links estão sendo criados.
Does it mean that fsync won't update the directory metadata when I call fsync on a file?
Sim. Ou melhor, você não pode confiar nisso. (É possível que algumas implementações sempre o atualizem antes do fsync retornar).