Usando cp ./*.* ./100x100 sem , a opção -R copiará todos os arquivos do diretório para o subdiretório 100x100 sem copiar o diretório para si mesmo.
A opção -R é para copiar recursivamente todos os subdiretórios para o destino e não deve ser usada se você não quiser que isso aconteça.
Veja man cp para mais informações sobre as opções do comando e o que elas fazem.