Concordo com @ilkkachu você pode ver o problema na direção errada ou não fornecer aqui as informações relevantes, para que as pessoas realmente o ajudem.
Não tenho certeza se entendi sua pergunta, mas sobre git
especificamente e ramificações, dê uma olhada em worktrees
isso pode ajudar ou não no seu caso: link
Além disso, as versões modernas do Linux têm um sistema de arquivos overlay onde podem colocar pontos de montagem de pilha uns sobre os outros e ver a união resultante dos arquivos, enquanto decidem para onde vai a gravação. Isso é muito útil para instantâneos e máquinas virtuais. Veja estes dois links: