OT1H ssh
não requer que a linha de comando remota seja um único argumento; OTOH obtendo aspas através do shell local (para ssh) e o shell remoto (para sqlite3) é difícil, mas sqlite3 aceita comandos SQL (com;) em stdin em vez de como um argumento é mais fácil porque ssh normalmente passa através de stdin (e stdout e stderr) de forma transparente:
echo "select * from tools where name='bscan';" | ssh [user@]host sqlite3 db
ou se o seu shell suporta herestring (bash, ksh, zsh):
ssh [user@]host sqlite3 db <<<"select * from tools where name='bscan';"