Existe o seu script:
#!/bin/bash
# enter the source dir
cd /tmp/a
# set initial subdir
subdir="b"
# run forever
while true
do
# get first available *.DAT file
newfile='ls -1 *.DAT 2>/dev/null | head -n1'
if [ "$newfile" != "" ]
then
# if the .DAT file exists, move it
mv ./$newfile /tmp/$subdir/
# replace subdir for next loop iteration
if [ "$subdir" == "b" ]
then
subdir="c"
else
subdir="b"
fi
else
# nothing found, wait 1 second
sleep 1
fi
done
Eu usei estrutura plana para testar
/tmp/a # source dir
/tmp/b # destdir 1
/tmp/c # destdir 2
Você terá que modificá-lo para sua situação, mas isso deve funcionar.