Se eu entendi corretamente que você deseja excluir linhas que têm primeira coluna única (como referência porque não há este D 2 st
linha na sua saída mais sort -u -k2,3 infile
é o que você precisa), então você pode fazer o seguinte e processar o arquivo de entrada duas vezes para imprimir as linhas onde a coluna # 1 foi repetida mais de uma vez:
awk 'NR==FNR{seen[$1]++; next} seen[$1]>1' infile infile
A 3 qs
A 8 qs
A 6 st
A 5 qs
C 9 st
C 3 st