awk :
awk '$1~/^P1_[0-9a-z]+/{ fn=substr($1,4); if(NF>1) { $1=""; print >> fn} next }
NF && fn{ print >> fn }' file
Visualizando resultados:
$ head 1*
==> 12562 <==
RFSLPLKLFMALVAFLRFLTIPPTAGILKRWGTIKKSKAINVLRGFRKEIGRM LNILNRRRRRVSTVQQLTKRFSLGMLQGRGPLKLFMALVAFLRFLTIPPTAGILKRWGTI
==> 1r6r <==
NRVSTVQQLTKRFSLGMLQGRGPLKLFMALVAFLRFLTIPPTAGILKRWGTIKKSKAINV LRGFRKEIG- RMLNILNRRRRRVSTVQQLTKRFSLGMLQGRGPLKLFMALVAFLRFLTIP
==> 1sfk <==
MALVAFLRFLTIPPTAGILKRWGTIKKSKAINVLRGFRKEIGRMLNILNRRRRRVSTVQQ LTKRFSLGMLQGRGPLKLFMALVAFLRFLTIPPTAGILKRWGTIKKSKAINVLRGFRKEI