Como o gzip só pode compactar arquivos, primeiro você deve tar os diretórios antes de compactá-los.
O que você quer fazer é usar o GNU tar
com compressas "z", "z":
find . -type d -maxdepth 1 -mtime +2 \! -name '*.gz' -exec tar cfz {}.tgz {} \;
EDIT Depois de comentar:
Eu não prestei atenção ao \! -name '*.gz'
, que em circunstâncias normais é supérfluo ... desde que você não tenha nomes de diretório com fim em .gz
.
find . -type d -maxdepth 1 -mtime +2 -exec tar cfz {}.tgz {} \;