Reinicie e no Grub pressione e para editar os parâmetros de inicialização do seu kernel. Vá para a linha do kernel e você verá algo como linux /vmlinuz... root=/dev/.... ro ... note a parte ro , modifique-a para rw e adicione a palavra sigle antes dela. Em seguida, pressione ctrl+x para inicializar esta versão particular e temporária das opções. Você entrará no modo de usuário único, no qual poderá executar com segurança fsck em seus dispositivos.
Como alternativa, inicialize a partir do CD ou USB e entre no modo de reparo.