Não há nada de errado com a saída que você postou.
Se você espera ver as entradas usuais . e .. , é necessário ativar a exibição de arquivos ocultos. Para fazer isso, use ls -la em vez de ls -l .
Se você acabou de abrir um terminal Cygwin logo após a instalação, verá que há vários outros arquivos ocultos, como .profile , por exemplo, pois . no início de um nome de arquivo significa "oculto".
De qualquer forma, se você precisar urgentemente entrar no Cygwin, há um lugar para ir: sua documentação oficial .