Aconteceu quando o pacote seguido estava com problemas ao consultar o banco de dados rpm em busca de um pacote instalado que causasse confusão na metatag:
rpm --rebuilddb
tudo deve voltar ao normal quando você reconstruir o pacote de banco de dados rpm. Em alguns casos, o problema ainda está lá e você precisa remover as metas antigas e reconstruí-las novamente
mkdir /var/lib/rpm/old
mv /var/lib/rpm/Pubkeys /var/lib/rpm/old/
rpm --rebuilddb
Às vezes, no meu caso, o erro é não jogar são por causa de alguns bugs que não conseguem excluir determinado diretório.
$ sudo rpmdb --rebuilddb -v
error: could not delete old database at /var/lib/rpmold.17138
$ sudo rm -rf /var/lib/rpmold.17138
$ sudo rpmdb --rebuilddb -v
$ sudo dnf update --refresh
determining the fastest mirror (2 hosts).. done.
RPM Fusion for Fedora 28 - Free - Updates 412 kB/s | 369 kB 00:00
RPM Fusion for Fedora 28 - Nonfree - Updates 35 kB/s | 84 kB 00:02
Last metadata expiration check: 0:00:00 ago on Mon 27 Aug 2018 09:08:56 AM +08.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
A saída acima (com -v, argos verbosos) mostra-me, tenho problema de permissão para remover o diretório /var/lib/rpmold.17138 do meu sistema. Basta remover manualmente, reconstruir o banco de dados rpm e funcionou.