você deve alterar o diretório
substituir
for j in list.url;
do
wget -i $i/$j;
done;
por
for j in list.url;
do
(cd $i ; wget -i $j )
done;
isso fará o download do arquivo em cada pasta.
- parenthethis são necessários para criar um subshell.
- Suponho que você tenha mais de um arquivo (list.url).