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Se você definir o Sticky bit em uma pasta, qualquer usuário poderá criar arquivos, mas somente o proprietário de um arquivo pode excluir / renomear / movê-lo.
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SELinux
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Coloque as pastas em um servidor para que elas só possam ser copiadas ou adicionadas não movido. Assumindo um computador cliente por pasta. Os usuários não podem se mover a raiz de uma parte de smb.
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Use uma interface da Web (ou WebDav) para gerenciar os clientes interação com os arquivos / pastas.