Uma solução extremamente simples seria adicionar uma tarefa @reboot cron que apenas executa o binário.
Faça crontab -e para o usuário que precisa executar o código (por exemplo, sudo crontab -e para o crontab de raízes) e adicione a linha
@reboot /path/to/some/executable
Isso agendará o trabalho para ser executado toda vez que o sistema for inicializado.
Veja o manual crontab(5) para mais informações ( man 5 crontab ).
Dependendo do que o programa faz, isso pode ser o suficiente ou pode ser simplista demais.