Como você pode ver no log, você está usando o driver VESA, e não o driver SIS . Na verdade, não tenho certeza sobre o status atual do driver SIS: Eu me lembro vagamente de que o suporte para alguns drivers foi descartado, porque ninguém os manteve, e o driver do SIS pode estar entre eles.
De qualquer forma, o driver VESA usa chamadas do BIOS para definir modos, limitados aos modos VESA pré-definidos. Isso explica por que você tem zeros nos campos de sincronização - esses valores não importam, pois o driver não os utiliza. Também explica por que você não pode usar um modeline que não esteja em conformidade com um modo VESA: A interface xrandr
para adicionar modelines etc. ainda funciona, mas eles não serão usados.
O log mostra que você só tem três modos válidos, dentre os 14 que seu monitor EDID oferece:
[ 27.440] (**) VESA(0): Built-in mode "1024x768"
[ 27.440] (**) VESA(0): Built-in mode "800x600"
[ 27.440] (**) VESA(0): Built-in mode "640x480"
Portanto, com o driver VESA, você só pode escolher entre esses três e não pode ajustar o tempo de sincronização.
Quanto ao motivo pelo qual o monitor às vezes "estica" a imagem e às vezes sincroniza corretamente, ainda é a mesma suposição: o BIOS não define todos os registros necessários ou o sincronismo do modo VESA 1024x768 é ambiguo o suficiente para o monitor para, por vezes, sincronizar desta forma e, por vezes, dessa forma.
Opções: tente fazer o driver do SIS funcionar. Para isso, se o driver for realmente obsoleto, talvez seja necessário começar a examinar o código do driver e atualizá-lo. Ou encontre alguém para fazer isso.
Outras opções: nenhuma em que posso pensar.
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A diferença parece ser que, no caso "correto", a leitura EDID do montitor falha, enquanto no caso "incorreto", a leitura EDID é bem-sucedida. No primeiro caso, o motorista provavelmente consulta uma tabela "padrão" interna e cria um modo adicional, que parece funcionar para você.
Você pode substituir as informações do EDID para outros drivers, mas o AFAIK não para o driver VESA.
Opções:
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Faça isso corretamente e obtenha o driver SIS funcionando, veja acima.
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Modifique o driver VESA para substituir o EDID, assim como para outros drivers (requer boas habilidades de programação C).
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Solução temporária: Solde um plugue VGA personalizado que não conecte os dois pinos DDC no conector VGA , forçando todas as leituras EDID a falhar (requer habilidades de solda).
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Solução alternativa, conforme descrito por Leandros López: Inicialize o computador com o monitor externo desligado. Isso também fará com que as leituras do EDID falhem, e os modos disponíveis serão os modos de fallback. Ativá-lo depois que o servidor X for inicializado.