Tanto quanto eu saiba, o apt não suporta arquivos PAC diretamente. Mas este arquivo nada mais é do que um texto simples descrevendo a localização do seu proxy. A página da Wikipedia para Proxy auto-config tem alguns detalhes. Então sugiro baixar o arquivo PAC para o seu computador, abri-lo em um editor de texto e tentar descobrir o URL correto para o seu proxy. Você pode inserir essas informações no /etc/apt/apt.conf
e isso deve funcionar.
Outro software pode ter maneiras separadas de lidar com arquivos PAC. O Firefox, por exemplo, tem configurações de rede. Lá você pode inserir o URL para o arquivo PAC.