1 - Eu não sei corrigir o seu problema, mas gostaria de tentar fazer logon no tty1 com o mesmo usuário, e ver se ele sair também. Se sair você sabe que não é um problema com o X, gnome ...
2 - Alguns dias atrás eu tive um problema estranho com a janela X, os programas falharam e eu não pude fazer logon novamente com o usuário normal. Eu vi os logs em / var / log para encontrar algo, mas não encontrei nada. O problema comigo é / var / log muito grande (eu acho, eu não poderia consertar meu próprio problema!).
3 - De qualquer forma, os arquivos em / var / log / podem ajudar.