Eu tive algum problema semelhante, mas não da pasta raiz: s
Se você usar uma distribuição baseada em RPM, isso pode ser feito usando o comando rpm --setperms .
seria dolorosamente revertendo um por um os pacotes, no sistema parecido com o Debian apt-get --reinstall install é seu amigo.
Não tenho certeza de que funcionará em todo o pensamento do diretório