Eu recomendaria usar o gerenciador de pacotes da sua distribuição, se possível, simplesmente porque uma vez que você começa a instalar muitas coisas da fonte, manter atualizações, dependências, etc. torna-se um problema ... e sim, eu fiz um sistema LFS ...
Dito isto, quando corri o Slackware eu sempre instalei "tudo" dos discos e depois qualquer coisa extra que eu queria eu configuraria para ser colocado em / opt / softwarename-version (ex: ./configure --prefix=/opt/foo-1.3.2
)
Realmente não importa onde você instala as coisas, enquanto você pode facilmente adicionar as bibliotecas, binários, etc locais às variáveis de ambiente relevantes como $PATH
e em /etc/ld.so.conf