Estas são permissões perfeitamente válidas, elas simplesmente não incluem deixar você lê-las :). Em termos de alcatrão, certamente é uma característica? Mas o arquivo soa bagunçado.
Re umask, eu diria que a explicação aqui está correto; Umask é puramente uma coisa subtrativa (ou um bitmask, se você for um programador). Não faz sentido dizer que umask não é aplicada com base na falta de bits de permissão.
Para conceder permissão executável para todos os diretórios, você pode usar convenientemente chmod -R a+X EasyExtend-3.0.2-py2.5