~/.gconf
contêm apenas as configurações que foram modificadas pelo usuário. As configurações originais do gconf podem ser encontradas em /usr/share/gconf/
. Por exemplo, a chave /apps/metacity/global_keybindings/
que você mencionou na sua pergunta é criada usando /usr/share/gconf/schemas/metacity.schemas
. E quando o usuário altera algumas configurações nessa chave, elas vão para ~/.gconf/apps/metacity/global_keybindings/%gconf.xml
.
BTW, o gconf é substituído pelo dconf. Embora algumas configurações ainda não tenham sido transferidas.