Como o diretório cgi-bin pode ser alcançado por meio de um caminho separado, uma maneira de fazer isso é copiar a seção Directory com o caminho alternativo, logo abaixo do outro, por exemplo:
<Directory /var/www/html/*/cgi-bin>
Options ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
</Directory>
Isso também deve desativar as listagens de diretório.
Se você preferir ter os índices ativados, adicione Indexes a Options ou faça com que ele herde suas opções pai alterando ExecCGI para +ExecCGI , por exemplo
<Directory /var/www/html/*/cgi-bin>
Options Indexes ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
</Directory>
Eu prefiro usar Options Indexes ExecCGI over Options +ExecCGI , pois dessa forma você não herdará opções indesejadas.