Você pode fazer um arquivo grande e, se tiver apenas um nome de host ou dois para se preocupar, ele funcionará bem. Mesmo com MUITOS hosts, um arquivo funcionará tecnicamente.
MAS ... quando você tem muitos hosts (mais de 2 ou 3 para mim), tendo cada um em seu próprio arquivo, nomeado após o FQDN com um indicador SSL (ou seja, ssl-webapp3.example.com.conf ou webapps.example.com.conf ou www.example.com.conf ) tornará sua vida MUITO mais fácil e "mais sustentável" a longo prazo, além de facilitar / desativar sites / hosts individuais.