Como você marcou isso como linux , assumirei os utilitários GNU.
Copie a estrutura de diretórios de $src para $dest :
find "$src" -type d -print0 | cpio -padmv0 "$dest"
Copie também uma amostra aleatória de arquivos $nfile de cada subdiretório folha de $src :
find "$src" -type d -links 2 -exec \
sh -c 'find "$1" -type f -print0 | shuf -z -n "$2"' sh {} "$nfiles" \; | \
cpio -padmv0 "$dest"
Aqui, o primeiro find localiza os subdiretórios da folha ( -links 2 ), depois o segundo find localiza os arquivos em cada um desses subdiretórios. shuf escolhe uma amostra aleatória de arquivos e, finalmente, cpio copia-os.