Eu acho que você quer apenas diretórios que correspondam a um padrão específico, então você precisa da opção -P , ou seja,
tree -P "*.a"
O texto acima retornará todos os diretórios contendo arquivos com a extensão .a . A página de manual da árvore pode ajudá-lo. Por exemplo, para ignorar um padrão, você pode usar a opção -I .